第二道辞呈。隆庆皇帝的本意是稍稍冷落一下徐阶，让他感受自己的不满，将来在宫里的事情上面自觉闭嘴。没想到徐阶的态度这么激烈，又引得徐阶这边的言官纷纷上书，都指责皇帝处置不当。这一回把隆庆皇帝气坏了，竟然亲自握笔批了“同意”两个字，让司礼监即刻发给徐阶。如果是李芳和冯保来批复，肯定会酌情加上一些安慰的话，再给徐阶例行的告老荣衔、赏赐还着驿站和地方迎送的礼遇。但隆庆皇帝难得亲自动手批一次奏章，能写两个字都很不错了，哪还顾得着其他，又金口玉言说了“即刻”发给徐阶。冯保就真的即刻发到了内阁。虽然不是正式任免的圣旨，但这也太不像话了，众阁臣面面相觑，张居正道：“皇上负气之下所批，甚有不妥，若是按此朱批拟旨，小人窥到，可不得再纷纷上奏攻讦徐阁老。我等万不可以照此拟旨，请诸位随我求见皇上，为徐阁老求应有的礼数。”
明时的内阁不比唐宋的门下，名义上只是给皇帝拟旨的文词之臣，并没有封还圣旨的权力，张居正身为未相，出头说这番话还是很出格的。不过好在现在的几个阁臣或者与徐阶关系匪浅，或者政见相似，一起点了头，去求见隆庆皇帝。隆庆皇帝最初还老老实实上了几个月的朝，现在彻底不肯上了，阁臣们想求见他一次也十分不容易。还是李芳冯保帮着说话，才勉强将他请了出来，一番苦求后，隆庆皇帝终于开恩给了些勉强过得去的赏赐。徐阶告老还乡这件事，就此敲定。徐阶不比高拱，他本就年事已高，大概是再也没有起复之机了，他起草《遗诏》，朝野赞誉有加的日子不过刚过去一年多，就落了个黯然退场的结局。相比起他忍辱负重与严嵩周旋的十几年，这一年多的日子短得像个午时美梦一般。而他的离去，不免又会带起一波官员们升黜的动荡。徐阶走后，内阁只剩下李春芳、陈以勤、张居正三人，这三个人里面，李春芳和陈以勤都是性格比较绵软持中的，他二人的政见都受徐阶影响较深。徐阶前脚刚走，张居正就急不可待地提了好几桩与往例不合锐意革新的事，比如授戚继光蓟门总兵之职，并令保定昌平的京营都听他调遣。李陈两人争不过张居正，但是又觉得这些事违背自己的心意，两人分明资历高于张居正，却不得不按他的意思来办，也有些憋屈之处。戚继光的任命是再也没法拖了，最后弄出一个不伦不类的三镇“总理”的名头给他，勉强算承认他有统御三镇兵将的资格，但照张居正看来，这道任命后患无穷，将来总还要再来补漏。李春芳气闷之余，写信向返乡的徐阶讨教，徐阶的回程这时刚走到南京，赵贞吉率南京众官员给徐阶接风洗尘。徐阶告老一事即成定局，心情倒轻松了些，也能比较正常地思虑朝中事宜了，便给李春芳回信，让他增加资历威望皆重的老臣入阁。