好几条河流都填满了遗体，污染着下游的水厂。水管成为细菌的高速公路，“淡水屠夫”刚刚登场就所向披靡。加热并不能杀死它，市民对自来水不再抱有信心，超市里的瓶装水被一扫而空。林敢与市长进行视频通话，争取在河流沿岸加装三米高的围墙或铁栅栏，这样便不会再有感染者掉下去。受疫情冲击，本市的经济状况不容乐观，这种大工程无疑会给当地财政雪上加霜。市长拒绝了这个方案，他表示其他城市也不会这么做。一旦上游的城市没弄好，他们就相当于白忙活了。两年的光阴转瞬即逝，淡水屠夫已然势不可挡。凭借着无与伦比的传染力，它感染了全球大约一半的人。中秋将至，一轮圆月悬于九天之上，投下苍白而清冷的夜光。林敢关上车门，回身望向诡谲的城市。那里曾经流光溢彩，如今只剩下幽暗的绯红。他刚进到研究所的大堂，就被一幅巨大的水墨画惊呆了。墨汁在洁白的宣纸上点染出一张面孔，林敢隐约觉得自己见过。“孔疯子？”
他终于想起来。画中人是他大一时的老师，给他讲过一门课——真菌病理学。老教授已逝世一年有多，同学之间还流传着他的风流韵事，未曾想他竟有如此高的成就。所长乘轮椅而来：“那场灾难恐怕只有咱老一辈人知道哩！当年闹得惊天地、泣鬼神，其实死的人总共不足四亿。”
林敢大吃一惊：“你的意思是，这次会死更多人？”
所长掐指一算：“按比例的话，估计和欧洲的黑死病差不多，大约三分之一吧。”
林敢以为自己听错了，直到所长在他耳边轻声说出五个字：“抗生素耐药。”
他信了。在过去的日子里，研究所一直在开发抗生素，并将成果交由药企生产。他们先在可能的谱系中试药，然后借助AI的算力来优化分子构型。十分可惜，在这场竞赛中，人类输得一塌涂地。细菌的变异新副本始终领先，它仿佛提前适应过所有的改动。林敢和新团队很快磨合，他们研发出一款“竞争疗法”。他们对繁殖迅速的菌株进行基因编辑，剔除对人体有害的组分。他们还给工程菌加装了双重保险：其一是营养依赖，关键的合成酶基因被敲除，只许它从外界获取特定的氨基酸。其二是自毁开关，光敏蛋白盘踞在核酸上，一旦收到红外指令就会把后者撕碎。工程菌被注射到患者体内，接下来只需隔山观虎斗，让两个淡水屠夫兄弟相残。在缺乏抗生素的环境中，通透性差的细胞膜只会降低摄取效率，分解抗生素的酶只会浪费能量……工程菌在竞争中逐渐占据上风，患者也随之恢复健康。然而，这种疗法的局限性也暴露出来。它很昂贵，治疗周期又长，一般人负担不起。最鸡肋的是，濒死的重症患者并不适用这种疗法，它见效太缓慢，病人经不起这番折腾。在实验过程中，林敢还发现淡水屠夫在适应人的体温，它在那个区间生长最快。也许它最早的寄生对象是冷血动物，而它如今打算在食物链上层扎稳脚跟。所长派他去出席一场商业谈判。全市最大的外资公司——宏正百方制药集团，不服从药物管控的政策，打算从中国市场退出。这家制药公司的规模为业界之最，它掌握着先进的诱变和基因重组技术，是量产抗生素的领头羊。事情的导火线是刚出台的一条法规。关于抗生素的生产和使用，国家要严格调控其品类、数目。此举是为了应对日益严重的细菌耐药、打破无药可医的困境。在缺乏抗生素的环境里，耐药菌往往竞争不过非耐药菌。只需将不同种类的抗生素排序，周而复始地使用、禁用，就能保证每个周期内至少有抗生素能救急，这也避免了多重耐药菌的泛滥。理想很丰满，现实很骨感。率先倒闭的是一批小药厂，它们囤积的药品不能销售，生产线也被关停，只好宣告破产。大型的企业尚能转换工序，并售卖其他种类的药品，但也对利润下滑表示不满。红色和白色的方块相间，构成一个十字。望着大厦顶层巨大的标志，官员和专家一起踏进大厅。从电梯口到会议室还要穿过一条长廊，公司的雇员带客人参观展柜中陈列的专利产品。他们显然是在暗示公司对国家的重要性，等下在谈判桌上就能多捞点好处。林敢询问起疫苗近期的效果，一名员工承认疫苗的保护效力降低，但公司在赶制新的疫苗了。来到会议室，双方进行最后一次协商。一番唇枪舌战过后，没人在讨价还价中捡到便宜。就在大家磋商善后事项时，林敢决定赌一把。他质问董事长：“如果我们不制止抗生素的滥用，到时超级细菌就会泛滥，你家的产品也将沦为废品。谁肯为废品付钱？”
董事长不屑一顾，抗生素没用就卖疫苗，反正公司不会吊死在一棵树上。一家医药巨头的暂时离开，足以推倒刚刚建立的规则。疫苗的效果也未达到预期，政府准备推广第八剂加强针。一切的根源在于细菌不可理喻的变异速度，这让所有专家都束手无策。溯源工作也遇到了瓶颈，没人能找到它的野生宿主。又是一个忙碌的早晨，林敢似乎有所发现。他把同事全部拉过来，指着屏幕上的分子演示图：“这是变异株的DNA，先别管杂七杂八的单个突变。看看这个基因，它含有六千多对碱基呀！这是怎么凭空冒出来的，还恰巧能表达出一个有功能的蛋白……这合理吗？”
经过严格的检测，这是一种寄生虫的基因。一个研究员说：“这种情况是跨物种的基因水平转移，水熊虫也经常这么干。”
在其他变异株的遗传分子上，更多的“盗版基因”被发现了。它们有的源自病毒，还有的源自其他细菌……林敢打趣地说：“它总不能每天都偷别人的基因吧？”
这种细菌拥有非常多的转座子，基因在DNA上的排序总是被打乱。他茅塞顿开：“把基因看作盒子里的积木，再把完整的DNA看作玩具。从盒子取出部分积木，就足以拼凑出不同的玩具，不同的毒株由此产生。还有一些积木很特殊，它们是从别人那里偷来的，但肯定混在盒子里。我们不要光盯着花里胡哨的玩具，现在先要找到装满积木的盒子。”
最早发现的盐水屠夫并非“初级屠夫”，它不过是衍生出来的“次级屠夫”。全世界都在为它的变异伤透脑筋，科学家翻山越岭去追寻不存在的宿主。次级屠夫一旦产生，它就是另一个独立的物种，后续的繁衍和传播与初级屠夫无关。科赫法则存在缺陷，你要是循规蹈矩地从病灶里挑选，大概率会犯同样的错误。初级屠夫不属于优势种，它的危害不在于传染性或致病性，而在于隐蔽性和创造性。如果你想找到它，还得去早期病例集中的地带。飞机降落在美国东海岸，几名美国科学家早已等候多时。一行人乘车去到“无名者公墓”，那儿说白了就是一个乱葬岗。当地的习俗不允许火葬，这给研究人员保留了珍贵的样本。他们塞给守墓人一笔钱，随后拿上铁铲，有脏活要干了。今晚，密斯卡托尼克大学有访客。两辆盖有白布的卡车，带着令人反胃的尸臭，悄悄地驶入学校的实验区。功夫不负有心人，在一具尸体腐败的小肠绒毛中，林敢找到了他梦寐以求的初级屠夫。千真万确，体态臃肿的初级屠夫丢掉大量基因后转化成次级屠夫，这个大块头看上去就不好对付。它的出现对于人类来说，既是双线作战的考验，也是连根拔起的机遇。