第一个任务就是，围绕着通州城训练。虽然孙克俭有些无奈，不过为了生存，他还是接受了这个任务。孙克俭等人训练的同时，秦牧也开始把教导旅四营士兵派遣下去，开始清扫附近一带一些土匪寨子。通州、海门等地的献城投降之后，整个扬州府向东一直到沿海一带，全部落入到了教导旅的掌控之下。地盘的扩大，也使得教导旅的人马有些捉襟见肘。虽然扬州守备第一团已经在建立过程中，教导旅也在扩编中，但是各地心头城的人员众多，维持这部分人员的忠诚与可靠，还是要投入很大的精力。不单如此，随着地盘扩大、各级部队人数增多之后，另外的问题也要早一点提上案头，那就是发展问题。只有规划好了发展问题，才能够源源不断地支撑着教导旅的发展。就在秦牧坐镇通州，扫清土匪的时候，扬州城那边来的一名信使带来的消息，却是打乱了秦牧所有的部署。……“你说的可是真的？”
拿着信纸，秦牧的手都有些颤抖，这上面的内容太过于骇人了！史可法战死，应天府城失陷，弘光皇帝被俘。就连坐镇芜湖的黄得功所部，也被英亲王阿济格顺江而下所部击溃，黄得功本人不知所踪。就在昨日，英亲王阿济格所部与豫亲王多铎所部，于应天府一带回师。看到这个消息之后，秦牧闭上眼睛，心中依然有些痛苦。要知道，当初督师史可法南下支援应天府之时，秦牧已经与他定计。史可法率部坚守应天府城，秦牧在江北袭扰八旗大军。这个计策十分完美，而秦牧也做的非常好。不单单烧了八旗大军的粮草大营，还接连击溃李成栋所部、天长大营拜尹图所部、泰州固山额真准塔所部。整个江北一带，清廷三四万大军，全部在秦牧手中落败。不过秦牧却万万没有想到，清军江北局势如此倾颓，却依然没能够挽回应天府城的结局。他不知道的是，自己在江北这番进攻，反而助涨了多铎的怒火，更加剧了多铎攻打应天府城的决心。事情危急！秦牧知道，通州这边要暂时放下了。秦牧急忙着急来通州府城的众人之后，便开始对通州进行善后安排。秦牧任命投降师爷史恒为通州知州，负责治理通州。留下教导旅四营何刚所部，留守通州，并且负责监管孙克俭等部以及通州治理情况。吩咐骑兵营在通州北部、如皋等地，继续清剿各地土匪。并且给孙克俭所部留下了两个任务，一是挖掘通州至海边吕四场的通吕运河。另外则是，围垦海门南部沿江沿海滩涂。善后安排妥当之后，秦牧立刻带领着教导旅一营、炮兵营等部，开始返回扬州城。……六月底，秦牧所部回到了扬州城。而此时此刻的扬州城，气氛紧张，浑然没有了先前秦牧东征之时的宽松气愤。到了江北总督府之后，卫胤文、任民育、马应魁、罗胖子、魏和尚等人已经在大堂之中等候着秦牧了。看到秦牧回来，魏和尚连忙上前两步，说道：“旅长，史督师战死了，我等要为他报仇啊！”
看着魏和尚一脸急迫的样子，秦牧的心中也有些低落。他拍了拍魏和尚的双手，点头说道：“会的，会的！”
铁青着脸，走到前方，秦牧蓦然转身，冷冷说道：“史督师之仇，我秦牧铭记在心。此仇不报，誓不为人！”
魏和尚迈步上前，朗声说道：“旅长，我魏和尚愿为先锋，南下应天府城！”
“旅长，”教导旅二营罗胖子也走上前来，说道：“我二营也愿出战，拿下应天府城，为史督师报仇！”
一营副营长庄子固红着双眼，沉默无声地走上前来。虽然没有说话，不过任谁都知道庄子固的心情。“秦牧啊，”正在这时，江北总督卫胤文上前一步，深吸一口气说道：“此事还要从长计议啊！”
“从长计议？怎么从长计议啊？”
秦牧的声音陡然提高许多，吼道：“史督师都已经战死了，应天城都失陷了，还怎么从长计议啊！”
“秦牧，你给我冷静一点！”
卫胤文猛然拍了一下桌子，也吼了起来：“是，你教导旅现在的确很厉害，江北的清军八旗士兵的确不是你的对手！可你也要看清楚局势啊！那可是应天城啊！敌军阿济格所部到了，应天城足足有近二十万兵马！难道你不知道嘛！”
卫胤文这一吼，不仅仅让在座的众人吓了一跳，就连秦牧也逐渐冷静下来。秦牧回头看了一眼卫胤文，随即坐在椅子上，不再说话。卫胤文看了一眼秦牧，随即望着面前站着的极为教导旅营长，“你们也都是行军打仗这么多年的老人了，难道最近打了几次大胜仗，就骄傲上天了吗？教导旅是很厉害，可是现如今教导旅有多少人呢？东征泰州、通州之前，便一直在说扩编、扩编，可是教导旅能打胜仗，靠的是精锐部队，扩编哪有那么容易扩成的！即便是这半个月时间，也才刚刚开始对招募的新兵蛋子们的训练。”
“就这些新兵蛋子们，训练好，又要多长时间？”
卫胤文看着面前几人，厉声指责道：“你们一位这些新兵蛋子们，都和你们一样，是身经百战的老兵？他们不是！他们是土生土长的老百姓，是手无缚鸡之力的书生！商人！矿工！农民！他们这些人，到了战场也不过是白白送死！”