到了1856年，太平军在安徽北部和南部先后攻占了四十八个州县，在江西，石达开率大军横扫清军，江西省共有十三个府，太平军就占领了九个府五十六个县，大片大片的地方成了太平军的根据地。这年的4月间，杨秀清指挥太平军先后攻破清军设在扬州的的江北大营，击溃清军设在天京郊外的的江南大营，连续拔掉清军威胁天京的两座大营，为天京解了围，扫除了太平天国的后顾之忧，为太平天国的安定和发展立下了巨大的战功，没落的大清王朝已成黄昏的落日，军心动乱，民心向背，大清江山指日可取。面对着太平天国大好的发展形势，杨秀清志满意得，尽管他在太平天国已是一人之下，万人之上，实际掌控着太平天国的军政大权，还有天父下凡附身的特殊身份，权威可谓是至高无上，杨秀清心里还是不能满足。
杨秀清一会儿是人，一会儿成神，常常假借着天父下凡附身之名为所欲为，它不仅排挤太平天国的各路王爷，随意欺侮太平天国的高级官员，对太平军将士借故轻则辱骂、鞭打，重则砍头分尸，太平将士对他无不惧怕。杨秀清对天王也是从不放在眼里，大为不敬，每当众将商议政事，天王说对的，杨秀清偏偏说是错，故意与天王作对，降低天王的威信，提高自己的地位。每当朝见天王，众王百官皆下跪见驾，只有东王杨秀清自恃功高，立而不跪，还经常以天父突然下凡附身，令天王洪秀全走下王位跪到他的面前聆听天父的教诲，它不仅高声训斥、辱骂天王，有时还要杖责，每当这时众王百官纷纷下跪向他求情，一个个都愿意替天王受杖责，杨秀清已经成了太上皇。尽管洪秀全也是个烈性书生，为了太平天国的大业，他只有忍气吞声，甘心做天父的儿子，经受杨秀清侮辱。太平天国的众王百官对杨秀清侮辱天王，看在眼里，恨在心头，因惧怕杨秀清猜疑排挤、残忍无情，人人自危，无一人敢言，杨秀清早已觊觎天王取而代之的野心愈加膨胀了起来。 1856年8月22日，杨秀清声称天父下凡要传福音，派部下急招天王洪秀全参见。杨秀清坐在太师椅上微闭双眼，不停地唉声叹气。洪秀全急忙进来跪在杨秀清面前，双手作揖、祈祷。杨秀清微睁一只眼斜看着洪秀全问：“你可是我儿？”洪秀全低着头忙答道：“正是不才。”
杨秀清又说：“你与东王均为我子。东王打江山，平清妖，功劳可谓最大？是不是在你之上？”
洪秀全回答：“东王功劳最大，在我之上。”
杨秀清说：“东王功劳最大又在你之上，何止只称九千岁？”
洪秀全早知杨秀清的野心，为了顾全太平天国的大业只有依从杨秀清，回答：“东王功高，亦当万岁。”
杨秀清又问：“东王世子岂止千岁？”
洪秀全回答：“东王万岁，世代皆万岁。”
杨秀清偷偷一笑说：“金口玉言，何时下旨？”
洪秀全心中五味杂陈，勉强答道：“就在东王寿辰之时吧。”
洪秀全受到了前所未有的威逼和恐吓，倍感随时都有被杨秀清暗算取而代之的危险，他愈加感到杨秀清太阴险了，于是他急令太平军将士在皇宫门前加修工事，四周密加岗哨以防不测，又派心腹火速赶往江西，密令正在前方指挥打仗的北王韦昌辉速回天京救驾。
韦昌辉（1823年---1856年）广西桂平县金田村人，有田地，家资富有，但族人不旺，更没有官面上的人，在当地属小门小户，常常受人欺负。韦昌辉聪颖，自幼读书，韦家期望他将来能考秀才、进举人、中进士，一举成名，光宗耀祖，为韦家撑起门面，不再受人欺负。韦昌辉读书非常用功，只是连考不第，韦昌辉深知大清考场的黑暗，郁闷至极。一直到了冯云山出狱带着两位官府差官返回紫荆山区，路过金田村借宿韦昌辉家，因与冯云山同属读书人，又都是连考不中的书生，都怀着读书做官，齐家治国平天下效力大清王朝的远大理想，在交谈中都有共同感兴趣的话题，更加拉近了他们之间的距离，共同的遭遇让他们两人惺惺相惜，都有相识恨晚之感。对于清朝科考制度的腐败和清朝政府及官员的腐朽统治深恶痛绝，为千千万万百姓在受苦受难而叹息，作为一个男子汉，一个满腹经纶的读书人，上不能效力朝廷，下不能解救受苦受难的老百姓，心里干着急，不知道该怎么办。韦昌辉听了冯云山宣讲拜上帝会的教义，引领百姓敬拜上帝，行动起来共同扫除祸害人世间的妖魔，才能重新回到原本的清明世界，清明世界就是世间男人皆兄弟，世间女子皆姐妹，普天下人人平等相伴，天下的田地天下人同耕种，有粮大家同吃，有衣大家同穿，人世间再没有了人剥削人，人欺负人，人高人一等的现象。苦闷的韦昌辉听了冯云山的一席宣讲，深受感动，这不正是人人向往的世界吗？再看看冯云山身旁的两位官府差官，自己都感到无比的惭愧，已经觉醒了的两名官府差官目不识丁，为了普天下人的幸福，都敢冒身家性命之险皈依拜上帝教，跟随冯云山去宣扬拜上帝教义，去解救众多受苦受难的老百姓，韦昌辉脑洞大开，热血沸腾，感动万分，当即提出要与冯云山结为兄弟，并说服全家人加入拜上帝教。在金田，韦昌辉利用自己的各种关系宣扬敬拜上帝教，捐献家财，购买粮草，组织团营，在自己家中秘密开炉打造刀枪、储备粮草，为金田起义做了大量的准备工作。 金田起义，韦昌辉被封为右军主将、副军师，参与了太平天国制定军事编制和政治组织的活动，他的军事指挥才能和政治组织能力在太平军和群众中影响非常大，以致清朝官府一度把他当成逆首。太平军占领永安后，天王洪秀全封他为北王，成为天王之下五个王中的一王，是太平天国的核心人物。再以后，南王冯云山，西王萧朝贵相继战死，韦昌辉成了在太平天国仅次于天王洪秀全和东王杨秀清之下的第三号重要人物，而且手握重兵。 韦昌辉在江西前线接到天王的密信，倍感天京形势的严峻，急率3000精兵星夜兼程，赶往天京，途中又命令秦日纲所部一同前往。9月2日，韦昌辉率部队进入天京，直闯东王府，诛杀杨秀清，并枭首示众。杀了东王杨秀清，韦昌辉掌握了太平天国的军政大权，下令大肆捕杀东王部下的将士和家属，主张斩尽杀绝东王余孽。韦昌辉的这一举动，立即遭到了天王洪秀全和众官员的坚决反对，洪秀全说：“罪恶在东王一人，东王部下并非都有罪，就是有罪，也罪不当杀。”韦昌辉恨透了东王杨秀清，恨透了与杨秀清一起排挤、欺侮他的东王部下，当年深受杨秀清排挤和欺侮的事，一桩桩一件件历历在目，记恨心头，平日里杨秀清和部下飞扬跋扈，自己受到排挤，部下无辜受屈辱，部下不服，东王知道后，不仅鞭打韦昌辉的部下，还历数韦昌辉的种种不是，令手下杖责韦昌辉一百杖，直打得韦昌辉站不起身来，韦昌辉部下将领为他求情，被东王推出斩杀。韦昌辉的哥哥与东王小妾的姐夫因住房产生纠纷，东王下令交由韦昌辉处置，故意刁难韦昌辉找借口排挤韦昌辉和他的子弟兵，韦昌辉不得不判处哥哥冒犯东王有罪，五马分尸，还要强忍着亲手杀死亲哥哥的巨大悲痛在东王面前强作笑颜。几年来，东王杨秀清对他一次次的排挤，一次次的考验，一次次的侮辱，令他不得不时时谨慎，处处忍让，忍气吞声，怒不敢言，他只知道老天有眼，只求上帝心里有数，没想到啊，报应来的就这样快，他含泪仰天长叹：“苍天有情终于睁开眼了！你飞扬跋扈的东王也会有今天！”
为了把东王部下的将士斩尽杀绝，永不留后患，韦昌辉声称杨秀清就是隐藏在太平天国中的妖魔，东王的部下都是害人的鬼怪，不杀尽妖魔鬼怪，太平天国就不能安定，百姓就不能幸福。韦昌辉杀红了眼，连日来，他不顾天王和众官员的强烈反对，一再下令对东王部下的将士及家属大肆屠杀，声称有胆敢反对杀妖斩魔者，杀！天京城再没有了反对韦昌辉滥杀无辜的声音。两万多无辜的太平军将士曾经为太平天国的创立和发展抛家舍业，舍生忘死，血洒疆场，这些在战场上令敌人闻风丧胆的太平军将士没有战死沙场，却不明不白地死在自己兄弟姐妹们的屠刀之下了。韦昌辉在天京独揽军政大权，大肆铲除异己，封锁天王府，大搞一言堂，顺我者昌，逆我者亡，大有取代天王之野心。洪秀全急派人秘密赶到武昌前线调石达开领兵回京护驾，诛杀韦昌辉。石达开接到密诏，顿时感到天京形势的严峻，又不愿再见到太平军将士自相残杀，他思来想去，还是决定不动兵，自己回天京去调解。
石达开（1831——1863）广西贵县人，绰号石敢当，家有田地，自幼读书习武，长大后以耕种为业，为人豪爽，专好结交豪杰，小小年纪，深受乡邻豪杰拥戴。后来在洪秀全的启发下，为了替天行道，扫除一切害人的妖魔，实现世间人人平等的太平世界，石达开参加了拜上帝会，并一呼百应，成了贵县一方的领袖。1851年，二十岁的石达开以左军主将率六千信徒参加了金田起义，他和萧朝贵、林凤祥、李开芳等军帅为太平军的开路先锋，战功卓著，被封为翼王。 石达开焦急的安排好武昌前线的工作，只带两名文官随行，星夜兼程赶到天京，进入天京城，看到的景象是街市萧条，处处戒备森严，百姓少见，士兵横行于市。石达开看在眼里，恨在心头，天京好端端的局面，今天怎么就成了这个样子，他径直前往北王府去拜见北王韦昌辉。韦昌辉见到石达开很是不高兴，劈头便问：“你不在武昌前线与清妖作战，到天京有何事由，是谁调你回天京？”石达开面对韦昌辉的无理训斥和严厉追责，心里的怒火压了又压，耐心地动之以情，晓之以理地劝导韦昌辉，他说：“从金田起义到攻克武昌，占领天京，直到今天太平天国取得的大好局面，都是太平军将士用鲜血和生命拼杀出来的，东王部下的将士率领举家老小舍生死于不顾，一心跟定天王加入太平军。杨秀清谋害天王，固然有罪，罪该当杀。东王部下的太平军将士没有罪，不应捕杀，他们都是我们的兄弟姐妹。”
韦昌辉不耐烦地打断石达开的话说：“啥自己兄弟姐妹！杨秀清是妖王，他的部下都是妖，是妖就应该斩尽杀绝，谁要是再敢阻挡我杀妖诛魔，保天王，保太平天国，他就是妖就是魔，就是太平天国的死敌，就当杀！我韦某跟定天王捐房捐地，捐财捐物，拼死建立的太平天国绝不能让妖魔毁掉。”
石达开火冒三丈，心里的火再也压不住了，高声说：“这样下去，太平天国就要毁在你的手上了！”
韦昌辉怒不可遏，用手指着石达开恶狠狠地说：“我知道杨秀清平日对你不薄，我杀杨秀清，你怀恨在心。”
石达开气愤地站起身说：“随你怎么说，太平天国决不该毁在你的手上！”
拂袖而去。石达开怒冲冲走出北王府，劝不住韦昌辉，心情十分郁闷，他今天对韦昌辉更加的陌生了，他看到了韦昌辉的阴险，看到了韦昌辉的无情，倍感事情不妙，越想越后怕，急忙寻找时机从城墙上缒绳出城，向宁国奔去。韦昌辉得知石达开逃走的消息，立刻派兵出城追杀，向全军下矫诏悬赏格捉拿石达开，下令把石达开在天京的一家老小及护卫一百余人全部杀害。
石达开一路奔波，来到宁国营中，立即召集部下将领，要兴师讨贼。将士们听到翼王被追杀，翼王全家人在天京被北王杀害的消息，一个个气得咬牙切齿，摩拳擦掌，纷纷要求杀回天京，诛杀韦昌辉，为翼王一家人报仇。石达开忍着万分的悲痛写奏折上报天王，向太平军将士发出号令：“为了天王的安全，为了太平天国永久存在，除奸党，顺民意，臣率部杀回天京，讨伐奸贼韦昌辉，为被奸贼韦昌辉无辜杀害的太平军将士报仇。”石达开号令一出，各地的太平军将士纷纷响应，向天京开进，一场自相残杀的大战即将爆发。韦昌辉在天京滥杀无辜的太平军将士，特别是杀害翼王石达开一家，引起了天京军民的公愤，多路太平军将士杀回天京，包围了天京城。洪秀全为了早日平息内乱，避免自相残杀，下诏号令：合朝杀往北王府，同心诛杀韦昌辉。天京军民响应天王号令，冲进北王府，杀死了韦昌辉，民众气愤的把这个奸贼碎尸万段。洪秀全令专人把韦昌辉的头颅送到石达开营中，让石达开验视，以平石达开的私怨。同时下诏书，召石达开进天京，提理太平天国军政事务。
石达开进京执政，优抚受害将士的家属，安抚民心，对韦昌辉的家人和部下不计前嫌，一视同仁，消除了太平军中各派系的明争暗斗，太平天国军民团结一心，很快就扭转了天京事变发生以来所处的逆势。面对天京事件造成的对太平天国极为不利的形势，石达开周密审度全局，确定了以防御为主，进攻为辅，反击清军围攻的战略方针，实施守江西，攻淮北，借以减轻清军对江西的压力而威胁武昌。太平军在石达开的指挥下连续取得了桐城大捷、漂水大捷，一举收复了舒城、六安、霍邱等地区，使得太平天国上下，军心大振，民心大振。