第一次大规模的人体解剖课了。在打开这些遗体后，郎中们终于对人体的各种脏器以及血管神经的分布有了最为直观的认识。各人都觉得在这样的解剖过程中，自己对传统医术的理解仿佛无形中加深了不少。比如原先所说要人命的急性肠痈，原来它的构成是这样的，与其牵连的血管并不丰富。将来再遇到此类病症，完全可以按照圣上谈到的那样，在做好消毒等诸多辅助手段后，用利刃剖开患者之小腹。再用消过毒的钢钳闭合其血管，将坏掉的部分截掉，再用钢针将部分血管用羊肠线缝合，最后把动刀处缝住。之后辅以药物控制体温，等其数日后身体未出现异常，那这条命就等于救回来了。至于患者最终能不能活下去，以现在的条件只能听天由命了，毕竟没有圣上所言之什么消炎药。不过，据圣上所言，只要身体强健之人，大部分都能扛过发热的症状并最终恢复如初。吴有性等人对朱由检未卜先知的神奇都是感到不可思议，然后就是不由自主地崇拜无比。作为一名丝毫不懂望闻问切的皇帝，他是如何知道人体内是有血管以及所谓的神经相联通的呢？肠痈这种急症能够打开腹腔予以切除，皇帝是如何知晓的呢？这个世上可能真的有生而知之者存在吧。吴有性等人遵从朱由检的嘱咐，在整个解剖过程中，从不同年龄段和性别的遗体中。选取标本后绘制了不同剖面的人体结构图，以供将来讲授时使用，这个举动也是具有划时代意义的。发生在南京的这次大规模肃清事件，是自太祖太宗之后两百年来大明仅见的重大事件，其影响之深远和广泛，远超朱由检最初的设想。肃清行动结束之后，正值衙门开衙之时，诸多衙门中的官吏们抱着幸存者的心态，战战兢兢地点卯应值，生怕一不小心被上官寻着错漏后当众立威。因为崇祯六年开始的第一天，很多署衙中就缺失了不少众人熟悉的面孔。同在本地的官吏们都清楚，那些人已经从这个世界上彻底消失了。大家心里都明白，这些人都是平时仗着有当地的大靠山撑腰，对大老爷的指令阳奉阴违之人，这次却被看上去软弱可欺的大老爷借机连根拔起了。血淋淋的现实摆在众人面前，以后如何应差，一些原先自视甚高之人心里都有数了。紧密团结在大老爷周围，这是唯一的出路。本着趁热打铁的原则，在一众署衙上值当日，卢象升以钦差的身份发布命令。即日起，江苏行省清丈田亩工作全面铺开，各地官府务必与两个月之内清丈完毕，士绅一体纳粮自今年夏收正式开启。事情的进展并没有出人意料，各地官府在经过几天的准备工作后，立即对下辖官绅以及士绅大户的田地开始进行清丈。官差所到之处，这些原先从不把朝廷和官府放在眼中的大老爷们，无不是乖乖地将府中田契尽数奉上。并且安排府中管事仆从头前带路，生怕慢上一步后被随同监视的锦衣卫给扣上什么罪名。在兔死狐悲的同时，江南的士绅们终于彻底害怕了。在刀枪面前，从前的种种手段都显得苍白无力。大明的天变了，如果再不识时务，怕是眼前的荣华富贵眨眼间烟消云散。南京事件让孙传庭主持的浙江新政也开展的异常顺利。身处南京的东林党核心骨干被全部摧毁，这让以士绅大户为主体的杭嘉湖一带瞬间失声。没有人敢出面为南京官绅们喊冤，也没有读书人上街抗议，浙江的新政便在这种沉闷而诡异的气氛中正式铺开了，过程与南京一般无二。士绅一体纳粮新政的顺利开展被孙、卢遣人飞报京师。此举意味着，处于半自立状态近两百年的江南地区，自崇祯六年起，完全归属于大明朝廷治下。在议定了新政执行中可能产生的问题，以及如何预防惩治的策略之后。朱由检宣布，会商结束后，内阁要考虑全面禁止土地兼并的行为，在制订出相关文件后呈报宫中。在阁臣们满脑子疑虑之情的情形下，会商转向了第二个话题，减税及皇明商会股份变更问题。阁臣们对皇帝突然提出的这两个问题都感到疑惑不解。新政的实施不就是为了加税吗？为何那边还未开始征收，你这边又打算减税呢？这不是自己拆自己的台吗？“朕所言之减税，并非减收田亩税赋，所减之税为实业之税，其实也等于是有条件的减少商税。”
看到众臣都是满脸的问号，朱由检先将减税目的讲了出来。“大明货物流通三十税一之税率继续维持不变，但若是名下有实业之商户，税率可改为五十税一。所谓实业减税，意既其所属财产不仅只有商行店铺，而是还有工坊造作等实体产业，也就是具备产销一体之资质。此种商行须前往本地官府报备，并由官府派员确认无误后登记在册。其以后经销往来与各地之间时，所交税率变为五十税一。”