第二子。孙氏世代在吴地作官，而孙权出生时，孙坚正担任下邳县丞之职。据传他是春秋时期军事家孙武的第二十二代孙。中平元年（184年），时任佐军司马的孙坚随朱儁征讨黄巾军。孙权与家人都留居九江郡寿春县（今安徽寿县城关镇）。中平六年（189年），长沙太守孙坚起兵响应讨伐董卓的关东联军时，孙权跟随长兄孙策迁居至庐江郡舒县（今安徽庐江西南）。初平二年（191年），孙坚因奉袁术之命征讨荆州刺史刘表，不幸战死。丧事毕后，全家迁往广陵郡江都县。孙权九岁丧父，受到其母吴夫人的教育。初平四年（193年），孙策投奔袁术后，命吕范将孙权等人接到住在曲阿的吴景（孙权的舅舅）处。次年，孙策为袁术攻打庐江郡。扬州刺史刘繇深怕被吞并，欲对孙权及其母等不利，于是朱治派人到曲阿迎接孙策母亲及孙权等幼弟，提供养护。后来，孙权跟着吴夫人迁往历阳县，又迁往阜陵县。兴平二年（195年），孙策起兵渡过长江，在击破刘繇后，派陈宝到阜陵接家人回曲阿。孙权为人性度弘朗，仁而多断，崇尚侠义，喜欢蓄养贤才，因此渐与父兄齐名。他常跟随在孙策左右并参与内部事务的决策，其才能令孙策都自叹不如。每当宴请宾客时，孙策常常回头看着孙权说：“这些人以后都会是你的手下。”
此时，孙权与胡综、朱然在吴郡读书。建安元年（196年），在孙策收得丹阳、吴、会稽三郡之后，十五岁的孙权被任命为阳羡（今江苏宜兴）县长，[1]吴郡太守朱治察举他为孝廉，扬州刺史严象举其为茂才。后又代理奉义校尉。建安四年（199年）至建安五年（200年）初，孙权随孙策讨伐庐江太守刘勋。刘勋败逃后，又进军沙羡，讨伐江夏太守黄祖，收得了庐江、豫章二郡。建安五年（200年），孙策被许贡门客行刺而去世，临终前命孙权接替其位。孙权当年虚岁十九岁，被东汉朝廷册拜为讨虏将军，兼领会稽太守，驻守吴郡。孙策刚刚统一江东没有多久，地方士民及宾旅寄寓之士仍存异心，因此孙权最初掌管江东时，局势动荡不安。庐江太守李术更是公开反叛，宗室内部庐陵太守孙辅通敌曹操、孙暠企图夺权，丹阳太守孙翊和宗室重臣孙河遭到杀害，豫章、会稽等地数万山越也伺机作乱。孙权以张昭为师傅，以周瑜、程普等旧臣，统御诸将。先率军消灭李术，得其部众三万余人；阻止宗室动乱；又灭山越六千，收编万余。他又广招贤才，聘求名士，诸葛瑾、鲁肃、严畯、步骘、陆逊、徐盛、顾雍、顾邵等人被招至麾下，安定了地方大族及宾旅寄寓之士之心，稳定了江南局势。建安八年至建安十三年（203年－208年），孙权三次进攻江夏郡，最终击杀黄祖，吞并江夏郡大部。建安十三年（208年），丞相曹操南征，大败左将军、豫州牧刘备。曹操占领江陵后，给孙权写信，直意要取下东吴之地。孙氏阵营内部分化为主战、主和两派，主战派以鲁肃、周瑜为代表，主和派以张昭为代表。张昭在当时影响力很大，但孙权却有意与曹操一战。此时，鲁肃从江夏带来刘备的谋士诸葛亮，表明刘备联孙抗曹的决心。周瑜及时返回，说明曹操的种种弊端，战有望获胜。孙权果断决定，以周瑜、程普为左右都督，与刘备合兵，和曹操决战。周瑜用黄盖之谋，以五万人于赤壁大破曹操军。战后，刘备、周瑜等又追击至南郡，曹操只好撤回北方，留曹仁、徐晃在江陵，派乐进镇守襄阳。此时，甘宁在夷陵被曹仁包围，周瑜采纳吕蒙的计策，留下凌统抵御曹仁，以一半兵力驰救甘宁，获胜而返。同年，孙权亲率大军围困合肥，派张昭攻打九江郡的当涂县。张昭出兵不利，孙权攻合肥亦未能破城，最后只得退兵。建安十四年（209年），周瑜与曹仁相持已有一年多的时间。曹仁的军队死伤众多，最终弃城逃走。孙权得南郡后，任命周瑜为南郡太守。同年，刘备上表奏封孙权代理车骑将军，兼任徐州牧。孙权与刘备在京口相见，并同意借南郡等予刘备。二人此次会面，巩固了孙刘联盟。曹操为防范孙权，强制内迁淮南的民众，引发江淮十余万户百姓惊慌，使其尽皆渡江归附孙权。建安十五年（210年），孙权遣交州刺史步骘挥师南征。步骘大军压境，交州九郡无不臣服。交趾太守士燮率领众兄弟接受孙氏管制。唯有刘表所任命的苍梧太守吴巨阳奉阴违，最后被步骘所斩。孙权为笼络士燮，加其为左将军。建安十六年（211年），孙权听从谋臣张纮的建议，将治所迁至秣陵。次年，修筑石头城，改秣陵名为建业（今江苏南京）。同年，又修筑濡须坞以防曹操南侵。建安十八年正月，曹操攻打濡须坞。孙权以舟师围攻曹操水军，俘获三千余人，曹军溺亡数千人。在与之相持一个多月后，孙权成功地劝退了曹操。