雅佳小新通过战斗打败了时间管理者米莉，但是基拉祈告诉他，它已经无法回去同个时间点。
他第二次选择回去了关都联盟，那时候他输给了小茂，他穿越回去，轻松打败了小茂，得到了关都联盟比赛的冠军。
接着他让基拉祈带他去粉红被正宗攻击的时间点，他救了粉红，赶跑了正宗。
但也改变了后续，粉红没有加入宝可梦协会，在甜甜岛阿利多斯事件，是小蓝牺牲了自己保护了他。
他回到现实，历史改变了，记忆也跟着改变，记忆中，粉红是活了，但是小蓝死了，那可是他最喜欢的小蓝。
他想回去继续修改历史，但是基拉祈告诉他，它不能回去时间间隔太短的时间点，它的能力并没有时拉比那么厉害。
后来，雅佳小新在花蕾村得到了成都地区的飞艇票，他去了成都的栎树林，他是见到了时拉比。
但是时拉比说他身上有邪恶的气息，不肯帮他，他气急，让他的精灵攻击时拉比，想要收服时拉比，不过时拉比穿越时空逃走了。
无可奈何的雅佳小新只能认命回到幻之岛，他还要继续修改历史，他要救他的妈妈。
他成功救下了他妈妈梅拉，打跑了特斯拉。
但是打草惊蛇了，阿波罗知道这件事后，提前释放半机械宠物大军。
雅佳小新跟勇次比赛被中断了，跟宝可梦协会的决战爆发了。
阿义，帅哥，小刚，小霞，小茂，莉佳，正辉，大木博士，奈奈美，改过自新的盖伦大叔跟敦美，他们躲进了宝可梦中心。
但还是被半机械宠物发现了，他们打不过这恐怖数量的半机械宠，没能撑到蜜橘岛的警察赶来，他们都死了。
回到现实时间线的雅佳小新受不了这个打击，彻底黑化了，基拉祈无法回去间隔太短的时间点，时拉比又找不到。
基拉祈有暗黑神零力量的加持，可以许很多次愿望，但是它许愿的能力其实是搬运，死了，就无法复活了。
雅佳小新破罐破摔，在暗黑神零力量的帮助下，抓到了装甲超梦，他打败了勇次，打败了渡先生，打败了希巴大师，打败了科拿大师，打败了菊子奶奶。
除了渡先生，他们都不愿意投靠，被暗黑神零给吞噬了。
粉红脑袋里一直有声音跟她说，她不该活着，她很内疚，她离开了真新镇，不知所踪。
雅佳小新的老妈梅拉，也离开了真新镇，去了阿罗拉寻找她还活着的丈夫，而花子阿姨早就因为小智不在，去了卡洛斯地区。
暗黑神零察觉到阿尔宙斯想要改变历史，就带他们跟一堆邪恶的宝可梦回来了。
周新:“我相信我的皮卡丘，它是最强的。”
雅佳小新:“那就试试看，装甲超梦，十万伏特。”
他的皮卡丘就是死在装甲超梦的十万伏特下，他想让周新也体验一下他的痛苦。
周新:“皮卡丘，接下它的十万伏特，使用冥想。”
雅佳小新:“没用的，差距太大了，提高防御就能扛住吗？”