离开黑云市的小泽一行人，遇到了一名神奇宝贝是蛋蛋的魔术师，催眠小智，搞了波椰蛋树大暴走，小智的小火龙经验暴涨进化成了火恐龙，最后小智和小泽同时出手才稳定住局面，两人也各自收服了只椰蛋树。
在一家中药店的时候见证了派拉斯的进化和他背上的蘑菇是如何用药的，在派拉斯进化成派拉斯特的过程，火箭队还出了不少的力，尤其是喵喵。
走出森林来到了号称不夜城的霓虹镇。
霓虹镇被称作不夜城，这里无论什么时候都十分热闹。由于人们的睡眠很少，所以这里人的脾气都暴躁易怒。
这里有着闪亮的霓虹灯，不论白天黑夜都很闪亮。这里的南方是一片沙漠，北部是一片森林。
这里的乔伊小姐也因为长期睡眠不足的原因，脾气也略显暴躁，不经意间就会训斥冒失的新人训练家一顿，险些将部分小孩子给吓哭了。
还有粉红恶魔胖丁，不讲道理的唱歌，戴着耳塞还是被胖丁给弄晕的小泽被无情的画了一脸涂鸦。
……
大峡谷（大傻谷），这里以大峡谷的雄伟景色闻名的地方，最近这里挖掘出了已经灭绝宝可梦的化石，一时间也引起了训练家挖掘化石的热潮。
小泽他们来到了大峡谷的中间地带，一眼望去，众人扛着鹤嘴锄，肩带考古背包，前往传闻可以挖掘出化石的中心地带。
“哟，这不是小智嘛！没想到在这里也能遇到你，看来你也是听说过可以挖掘出灭绝宝可梦化石的传闻吧。”
一位红棕发少年凑上去，此人正是小茂。
“好久不见啦”小泽笑了笑，发现小茂的穿搭非常的正式，已然变装成了一位扛着鹤嘴锄的考古助手。
“好久不见。没想到你们也来挖掘化石了。”小茂冲着小泽挤挤眼睛。“我也是拜托了爷爷才混进来的。一定要挖几块化石才能值回票价。”
“可恶，小茂你又无视我，我要跟你决斗我~！！”小智撸起袖子，准备原地来一波相爱相杀。
“唉～”小茂无奈的叹了一口气，“小智君～你还是如此的急躁，我现在可是要去挖掘灭绝宝可梦的化石，哪有闲工夫陪你在这玩小孩子的把戏。”说完，小茂便挥手与众人道别，和自己的美女啦啦队前往挖掘化石的中心地带。
“可恶！既然这样，我一定要比小茂那个家伙更快挖掘出宝可梦的化石，给他点颜色看看！”小智握紧双拳气愤道。
“可是我觉得这么做等于是故意去吵醒，变成化石而沉睡在地底的古代宝可梦。”小刚沉思道。
“可是寻找几万年前就绝种的宝可梦化石，不是很浪漫吗？”小霞笑道。
在小泽几人离开的后一秒，一只拿着外表类似麦克风涂鸦笔的胖丁冒出头来，本想着向小泽几人展示自己绝妙的歌喉，不曾想小泽几人就这样无视自己离开了，一时间气的脸色通红，气嘟嘟的鼓着脸生着闷气。
“挖到了！我终于挖到了！”
小茂疑是挖出了远古化石，叫喊声也引起了附近训练家与考古学家的注意，只见一位年纪较大的考古学家拿走化石，仔细的用放大镜观察。虽然不满考古学家的无礼，不过术业有专攻，小茂也只能委托考古学家。
“这应该是远古小精灵的……便便化石！”
“讨厌，是便便！”啦啦队尖叫道。
小茂与啦啦队一同倒地，挖了这么久居然是这么一个化石，小智也大声的嘲笑起小茂。
“真壮观，没想到来了这么多人！”小霞道。
“那不是火箭队吗？”小智发现了火箭队的行踪，作为老对手的小智猜出准没好事，与皮卡丘一同前往。
“既然你诚心诚意的请教了！
我们就大发慈悲的告诉你！
为了防止世界被破坏！
……
似乎听到了熟悉的声音，火箭队也本能反应的回答开场白，却被一旁抱怨的喵喵狠狠的划伤脸颊！
“你们究竟炸弹装好了没有！要是发现了古代化石，我们可是会大赚一笔的！”
“你在干什么！”
武藏一口气将喵喵按倒在地，使劲的暴打喵喵，以报刚才的血仇！
剧情如原著般展开，小次郎按下开关，火星顺着导火线直逼炸弹，赶来的小智也派出杰尼龟扑灭火星，只可惜一边追赶，一边使用水枪实在是瞄不准。为了阻止小智的计划，火箭队也一起追赶过去，只是被石子绊倒，携带着小智一同来到了炸弹处。
“轰”的一声巨大的爆破声响起，只见小智与火箭队一同掉落到了地底，安抚小霞与小刚急切的情绪，小泽骑着喷火龙进入地底寻找小智。
（这里面存活着化石翼龙、菊石兽、多刺菊石兽、化石盔、镰刀盔这些据说早已灭绝的化石小精灵，还有波克比的蛋，真是让人期待！）
喷火龙尾巴的火焰照亮了漆黑的四周，也发现了被十几双血红双眼敌视的小智与火箭队，从黑暗中走出的是被吵醒的菊石兽、多刺菊石兽、化石盔、镰刀盔，它们之前一直陷入沉睡当中，并没有灭绝！
“菊石兽、多刺菊石兽、化石盔、镰刀盔、被认为是几万年前灭绝的小精灵，其生态一切都是谜，至今仍然有人认为它们可能生活在某些地方，是尚未有人发现活着的小精灵！”
小智拿出小精灵图鉴扫描资料，发现眼前这些小精灵竟是早已灭绝的化石小精灵！
“太棒了！我们将成为幸存的远古小精灵的发现者而名留青史了！老大对我们的评价也会提高的！”火箭队突然跳起来欢呼的说道。
“这样我吃的猫罐头就可以升级了！”喵喵满脸憧憬说道。
“可是它们对我们好像不是很友好的样子，你们看，眼睛都充满了血丝，好像脾气非常不好的样子！”小智吞吞吐吐说道。
“这些小精灵只是沉睡在地底，刚才被你们给吵醒了，谁都有起床气的时候，更何况是这些远古肉食性的小精灵，真不知道你们在期待着什么！”小泽吐槽一句火箭队的天真，骑着喷火龙对化石小精灵发动进攻。
喷火龙的相貌与化石翼龙相似，许多还没睡醒的化石小精灵把喷火龙当成了化石翼龙，吓得转身就跑，早就忘记要报仇的心思，只留下看似领头的镰刀盔与多刺菊石兽留下。
“有点志气，刚好我也打算收服你们！”
小泽命令喷火龙将其解决，抛出两颗精灵球将其传送到大木研究所。并向大木博士提出请求，麻烦帮助古代宝可梦尽快适应现代宝可梦食物的疗效流程。
一声响彻四周的吼声传来，紫色的身影伴随翅膀的煽动声袭来，只见一只体型巨大的的化石翼龙出现，据小泽判断这只化石翼龙的身高达到了2.1m，比寻常的化石翼龙大了0.3m，看来不是原著中猎食小智的化石翼龙，毕竟体型上就有明显的差距。
“看来化石翼龙也不止一只，这只估计也是所谓的头领！”
“你们还是尽快离开吧！”小泽对想要捕捉化石小精灵的火箭队发出警告，迫于喷火龙的强大实力，火箭队只好匆忙的逃窜，只留下小智还在恳求火恐龙听从自己的指挥。
小智的小火龙自从进化为火恐龙之后，就再也不听从小智的指挥，认为自己的实力已经不需要训练家的分析。
此刻的火恐龙没有看小智，而是将目光锁定在了喷火龙的身上，喷火龙隐约散发的气场让火恐龙感到颤抖，这也是火恐龙追求的强大对手！
“想要去见证外面世界的辽阔吗？我可以实现你的愿望，与我一起翱翔在那云端之上吧！”
小泽炽热的眼神看向化石翼龙，伸出右手邀请道。
听完小泽的这番话后，化石翼龙这才将视线放在眼前这位银发少年的身。
“饿很久了吧，先简单吃个罐头填饱下肚子。”
说完，小泽从背包里拿出肉食罐头，摆放在化石翼龙的面前。
化石翼龙先是闻了下肉食罐头，在发现没有可疑的地方后，这才敢张嘴吞咽，或许是因为饥饿许久的缘故，小泽拿出的肉食罐头还未在地上放满一分钟，就被饥饿的化石翼龙给消灭的干干净净。
“看来你的胃口不错嘛。”小泽打趣道，在看到化石翼龙渴望的眼神后，也明白对方并没有吃饱，可能连半饱的程度都没有达到。
在小泽连续从背包里拿出三个肉食罐头后，吃完的化石翼龙勉强打了个饱嗝，伸出舌头舔着牙齿，高兴的眯着眼睛，凑上前蹭着小赤的脸颊。
（似乎都不用进行战斗了吧？）
小泽无奈的摸着化石翼龙的额头，似乎眼前这位天空王者意外的呆萌呢。
“化石翼龙，来与喷火龙来一场对决吧，我也很期待你现在的实力。”小赤说道。
化石翼龙听到后，不情愿的点点头，随后煽动翅膀飞行在上空，战意的目光看向底下的喷火龙。
这是喷火龙对化石翼龙的第一印象，也期待与眼前这位远古时代的天空王者来一场精彩的战斗。
因为地形的拘束，喷火龙与化石翼龙都处于半空的区域，彼此先决定用远程招式来试探对方的实力。
炽热的火焰从喷火龙的嘴巴吐出，形成一道火柱袭向化石翼龙的方向。
尖锐的石刃漂浮在化石翼龙的身边，紧接着受到化石翼龙的控制，快速刺穿即将袭来的火柱。
凭借肉眼无法捕捉的神速，化石翼龙瞬间来到了喷火龙的身后，覆盖翠光的龙爪一击命中喷火龙的背部。
喷火龙疼痛的甩开化石翼龙，使出喷射火焰攻击，化石翼龙也毫不逊色的使出岩石利刃回击过去！
‘还不赖嘛！’喷火龙夸赞一句。‘你也不错！’化石翼龙回答。
化石翼龙使出原始之力召唤岩石攻击喷火龙，以奇迹般的概率各自将自身状态提升1级！
喷火龙使出龙爪一一击碎，化石翼龙也冲过去使出龙爪与其对拼，两只小精灵展开激烈的较量，这一幕也勾起了火恐龙对以后的向往。
化石翼龙再一次想要张开使出超音波，可喷火龙也不会继续上当，直接侧身一扭使出铁尾击中化石翼龙，成功让化石翼龙闭上了臭嘴！
喷火龙一鼓作气使出碎岩打在化石翼龙身上，化石翼龙也痛苦的惨叫一声，发疯似的使出舍身攻击撞飞喷火龙，岩石脑袋特性的化石翼龙不会被副作用影响。
不知不觉中，小泽已经让喷火龙自主战斗，沉迷在战斗的快感中，喷火龙也没注意到这点，继续与化石翼龙展开激烈的较量！
喷火龙使出大招大字爆，化石翼龙也谨慎的将附近的岩石打落，使出岩崩消耗大字爆的威力，最后再用岩石利刃彻底的解决！
喷火龙的双翼亮出白光，像附身着钢铁一样，喷火龙冲到化石翼龙的面前狠狠的使出一招钢翼，飞到上空的化石翼龙怒吼一声，全身聚集能量粒子包裹自己！
喷火龙见此也一起使用闪炎冲锋！
双方小精灵使出终极大招展开殊死对决！猛烈的碰撞在四周的岩壁全部击碎，烟雾散去，只见喷火龙朝天怒吼一声宣告自己的胜利，化石翼龙也挣扎的想要爬起来，可惜最后还是昏倒在地，小泽使用精灵球将其收服！
“表现不错，喷火龙！”小泽向胜利的喷火龙夸赞道，喜悦的喷火龙也是蹭着小赤的脸颊，完全没有之前威严的模样，仿佛还是小火龙时期的稚嫩。
“小智的喷火龙还真是厉害……”小智惊讶道。
“吼——”
见小智将目光完全放在喷火龙的身上，气的一旁的火恐龙喷出火焰教训了下小智。
在引起小泽与喷火龙的注意后，火恐龙‘霸气侧漏’的来到喷火龙的面前，战意的目光看向喷火龙，火恐龙向小赤低吼了几声，示意自己要与喷火龙进行对决。
喷火龙也被火恐龙的搞笑一幕给逗乐，小家伙长本事了。
在看到喷火龙轻蔑的摇摇头后，火恐龙气的直跺脚，误以为喷火龙是在轻视自己火恐龙的形态，想要强行逼迫自己进化。
进化之光从火恐龙的身上散发，见此一幕的小泽与喷火龙同时露出不悦的目光，紧接着喷火龙咆哮一声，强行打断了火恐龙的进化。
强行中断了进化，火恐龙喘着粗气以此来调整自己的状态，。
“太愚蠢了，居然为了一时的实力甘愿舍弃了未来的天赋。”小泽训斥道，严厉的语气一时间让火恐龙胆怯的低着头，不敢直视小泽愤怒的目光。
‘臭小子，如果你能扛下我的火焰，我就算认可你的实力，答应与你进行对战。’喷火龙不悦道，在看清火恐龙的倔强后，为了避免以后走上歪路，喷火龙决定给火恐龙一次挑战自己的机会。
“火恐龙，还是算了吧，小泽的喷火龙不是以你目前的实力可以打败的。”小智劝告道，虽然信任自己的宝可梦，但小智还不至于愚蠢到认不清事实，不想自己的火恐龙就这样去送死。
炽热的火焰从喷火龙的嘴巴吐出，粗壮的火柱瞬间袭向火恐龙的位置，火恐龙惊愕的看向即将逼近的火柱，不明白为什么自己会如此畏惧，明明同样作为火系的宝可梦，自己居然本能反应的想要进行躲避，试图避开眼前的火柱。
但倔强的火恐龙还是选择了站在原地，用身体扛下了火柱的伤害，只见火恐龙整个身体被火焰灼伤，没有一处是完整的地方。
“怎么可能！居然连身为火系的火恐龙都无法招架喷火龙的火焰！”小智震惊道，难以置信的目光看向火恐龙灼伤的身体，自己引以为豪的火恐龙，居然会与小赤的喷火龙实力相差的这么悬殊。
“算了吧，你已经无法战斗了。”
察觉到火恐龙执着的目光，小泽轻声劝说火恐龙放弃，不要再折磨自己了。
但火恐龙不肯服输，叫嚣的试图惹怒喷火龙。
“怎么和小智一样倔强……”小泽无语道。
“什么嘛，我才没有这样呢！”小智尴尬道，脸蛋不由得通红起来。
在小泽的眼神示意下，火恐龙使出喷射火焰，灼热的火焰命中喷火龙的身体，但喷火龙无视的打着哈气。
等火焰结束后，喷火龙张开嘴巴将火焰统统吸收进了肚子里，还不忘嘲讽似的呕吐了一下，暗示火恐龙的火焰弱小。
“地球上投！”小泽下令道。
喷火龙煽动翅膀飞到火恐龙的面前，强行用双臂抓住了火恐龙的身体，紧接着快速飞到上空，不断以球体旋转自身。
旋转伴随的眩晕让火恐龙眼花缭乱，放弃了想要挣扎的欲望。
见火恐龙放弃了挣扎，喷火龙迅速煽动翅膀下降地面，在即将坠击地面的时候，狠狠将火恐龙背摔砸在地面上，一招将其秒杀。
“回来吧，火恐龙！”
小智一脸无奈的拿出精灵球将火恐龙收回，一旁的皮卡丘见此一幕，也凑到小智的脚边，安慰着小智，让小智不要太难过了。
但皮卡丘似乎误解了小智，小智对于火恐龙的失败没有感到丝毫的意外。
“小智，火恐龙的天赋很出色，你一定要多加注重培养，在它身体尚未发育成熟前，务必要阻止它强行进化，强行进化只会损害它的战斗天赋，一定要多加注意。”小泽劝告道，不想让火恐龙就此埋没了自己的天赋。
“放心吧小泽，我会多加注意的。”小智保证道。
战斗结束后，大多观战的训练家也立刻跑到了这里，不顾君莎小姐的阻拦，想要见证下能够驾驭喷火龙的强大训练家是何等的存在。
作为竞争对手的小茂，自然清楚那是小泽的喷火龙，在目睹了喷火龙的强大实力后，小茂转身与自己的美女啦啦队匆忙离开，打算找个合适的地方与自己的宝可梦一起集训。
（小泽，我期待在石英大会上打败你的那天！）
“小智！小泽！还好你们都平安无事！”
刚上来的两兄弟就看到小霞与小刚匆忙的跑上前来慰问。
“小智，这是我‘意外’在地底捡到的精灵蛋。”
小泽从背包里拿出一颗精灵蛋，这颗精灵蛋有着红色与蓝色三角环状花纹，显然这就是波克比的精灵蛋。
“精灵蛋耶！请务必交托给我照顾！”小刚兴奋道，接过小泽怀中的精灵蛋，照顾精灵蛋可是小刚这一宝可梦培养家的看家本领。
“什么嘛小刚，这明明是要送给我的精灵蛋！”小智无语道。
“小智这么粗心，肯定会把精灵蛋给摔坏的，还是交给我和小刚照顾吧！”小霞笑道，抢过了精灵蛋。
最后，大峡谷被赶来的联盟工作人员封锁，并严令禁止外来者对大峡谷的挖掘行动。
……
此时，正在真新镇研究镰刀盔与多刺菊石兽的大木博士，在听到了一旁电脑传送来的消息后，疑惑的用鼠标点击了信件。
“哇塞！不仅收服了镰刀盔与多刺菊石兽，居然连号称远古时代天空王者的化石翼龙都收服了，看来小泽这小子最近的旅行收服不错嘛。”
这次小泽连续传送回了三只古代宝可梦，可把大木博士这一老顽童给高兴坏了，大木博士别的可能会嫌麻烦，唯独不厌烦研究宝可梦。