离开了大峡谷的小泽一行人继续向着红莲道的方向继续前进。
与此同时，小智也在与一位登山男进行对决。
“上吧，铁甲犀牛！”
“就决定是你了，妙蛙种子！”
双方都派出了自己的宝可梦。
“铁甲犀牛，使出猛撞！”
铁甲犀牛迈出沉重的步伐，不断朝着妙蛙种子的方向冲锋，因为体重的缘故，就连地面也因铁甲犀牛的冲撞而不断震动。
小智刚想指挥妙蛙种子使出寄生种子控制住铁甲犀牛的行动，却不料铁甲犀牛的速度超乎小智的想象，正面将妙蛙种子撞倒在地。
“回来吧，妙蛙种子！”
见妙蛙种子受伤严重，小智担忧的拿出精灵球将其收回，却被倔强的妙蛙种子拒绝，避开了精灵球的收回红光。
“你在干什么，快点回来呀！”小智着急道。
“我看妙蛙种子没有打赢是不会回来的。”小刚解释道。
“竟然不听训练家的话，你的教育还不够哦。”登山男打趣道，紧接着登山男指挥铁甲犀牛再次使出了猛撞。
“皮卡皮！”
“不可以输，使出飞叶快刀！”小智鼓励道。
战意倍增的妙蛙种子一跃而起使出了飞叶快刀，释放的叶片命中铁甲犀牛的身体，阻挡了铁甲犀牛的猛撞攻击。
“达内！达内！”
妙蛙种子顺势使出了藤鞭，两条藤蔓鞭打铁甲犀牛的身体，将铁甲犀牛整个身体变成了陀螺来旋转，显得十分的搞笑。
最后转晕的铁甲犀牛倒在了地上，已然无法进行战斗。
“赢了！”小智兴奋道。
“我认输了小弟弟，你很了不起啊！”登山男夸赞道。
“哪里，你的铁甲犀牛也很厉害。”小智中肯的回答道。
“可是小智，你的妙蛙种子个性也很好胜啊。”小刚说道。
“对呀，小智的宝可梦都是很有骨气的。”小霞夸赞道，怀中抱着诞生不久的波克比。
在旅行中，小泽四人遭到了火箭队的袭击，目的是为了夺走波克比，在命运的注定下，波克比把第一眼见到的小霞视为了母亲，对小霞十分的亲近。
“干得好，妙蛙种子！”
小智扭头看向妙蛙种子，却发现妙蛙种子满脸是汗，浑身颤抖着似乎在进行着某种抗拒，背上的鳞茎状的种子也时不时散发光芒，暗示妙蛙种子即将迎来自己的进化。
“怎么回事？小泽你知道吗？”小智抱起妙蛙种子，担心的问。
“我也不能确定，只是感觉很像要进化的前兆。还是需要乔伊小姐好好检查一下才能确定。”小泽摊了摊手。
没办法一行人赶快朝着最近的一家神奇宝贝中心跑去。
来到了神奇宝贝中心，将妙蛙种子交给了乔伊小姐，众人才算松了一口气。
仔细检查过后，乔伊给人吃了颗定心丸，没错，这个小家伙不是生病，而是一同出现了进化的征兆。也就是进化前应激反应。
小霞小刚也开心的跟小智道喜。妙蛙种子和妙蛙草就要进化成妙蛙草和妙蛙花了。
“太好了，”小智兴奋的握拳，不知道的还以为产房传喜讯了呢。
“你们看外面。”乔伊指着窗外，只见草地上正盛开着一朵一朵的鲜花~皎洁的月光下，各式各样的鲜花闪烁着星星点点的光辉。
“花朵~在发光~！”小智看的眼睛都直了。
“传说，妙蛙种子到了某个时期，就会从各地聚集在一起，举办一种类似于庆典的进化祭，而那个祭典传说跟月亮的潮汐以及星轨的运行有着神秘的关系。”
乔伊小姐热心的给小泽一行人讲解着。
“看起来，我们赶上了很重要的时候呢。”小刚对小智说。
“不可思议花园啊，我也好想看一看。”
小智与皮卡丘憧憬的目光望着窗外。
“皮卡丘，你也这么认为对不对。”
“达内？”
躺在病床上的妙蛙种子望着窗外，思索着自己的将来。
妙蛙种子突然回忆起火恐龙攻击小智的画面后，脸上出现露出了犹豫，而且妙蛙种子非常喜欢自己目前的形态，因为可以自在的扑到小智的怀里。
在无人的地方，一群妙蛙种子受到自然之力的指引，汇聚在一块，准备前往不可思议花园，完成自己的进化祭典。
深夜，迷茫的妙蛙种子从宝可梦中心离开，打算去外面散散心，但这一小动作也被小泽和皮卡丘给发现，皮卡丘匆忙的跟上妙蛙种子的脚步，打算陪伴妙蛙种子。
因为与小智睡一个房间的缘故，小泽的起身也让小智清醒过来，小智揉捏着右眼，疑惑的看向小泽，不明白小泽这么晚了还起床干嘛。
“赶紧起床了，小智！”小泽推了推迷糊的小智，“妙蛙种子已经从宝可梦中心离开了，我们得赶紧追上！”
在小泽等人穿好衣服后，皮卡丘着急的跑了回来，向小泽等人告知了妙蛙种子被绑走的事情。
为了找到妙蛙种子的踪迹，小赤与小智三人组踏上了搜查之旅，不过大多是皮卡丘在嗅着气味，以此来判断妙蛙种子的动向。
顺着流动花粉的指引，众人也明白即将要到达传闻中的不可思议花园。
但在前往的途中，周围突然出现粗壮的藤蔓，阻挡小泽等人的前行。
“整个森林都动起来了！你们看，藤蔓想要把路堵住！”小刚喊道。
小泽一行抓住机会在森林的藤蔓堵死入口之前进入了不可思议的花园。
刚刚进入花园的内部，藤蔓便紧紧的围城一座城墙，将内在彻底隔绝。
“你们看那个！”小霞惊呼道。
抬眼望去，只见一片巨大的花田，花田的最中央耸立着一颗古老的枯树。
无数的妙蛙种子抬着头散播着花粉，哼唱着不知名的旋律。
在妙蛙种子的呼唤中，一只体型无比巨大的妙蛙花出现在古树的中央。
看那个远超正常妙蛙花的体型和强大的气场，霸主神奇宝贝没跑了。
“是妙蛙花啊。”小智激动道，连忙拿出宝可梦图鉴，“妙蛙花，种子宝可梦，妙蛙草的进化型，经常在有阳光的地方定住不动，有人猜测它是在进行光合作用。”
“没想到，居然能在这里遇见一只霸主神奇宝贝。”小泽蹲在一边的树丛，小声的感慨着。
“霸主吗？是指这只巨大的妙蛙花？形容的还真贴切。”小智点点头说道。
“霸主神奇宝贝是名词，不是形容词。”小泽没好气的翻了个白眼，所以就不爱跟你个学渣聊天。
“种子达娜！！！”巨大的妙蛙花仰头发出洪钟大吕一样的声音。所有的妙蛙种子，妙蛙草一同抬头呼唤起来。
伴随着呼唤，越来越浓郁的草系能量开始聚集在一起。
刺啦~集体进化发生了！
“我的妙蛙种子进化了吗？”小智激动的瞅去。
“对了，你的妙蛙种子额头上有贴胶布的。”小霞提醒道。
经过片刻的寻找，小智终于发现了一只站在最后方，迷茫的来回看向四周的妙蛙种子，额头上贴着胶布，这就是小智的妙蛙种子。
小智刚想大声呼唤妙蛙种子，直接被一旁的小泽给捂住嘴巴，“小智，我们可是不请自来的家伙，小声点。”
随着妙蛙花的吼声，底下的妙蛙种子也憧憬的看向台上的妙蛙花，跟随着妙蛙花的节奏开始歌唱，唯独小智的妙蛙种子迟迟不肯开口，抗拒的低着头。
“班纳！”
仪式的歌唱环节结束后，妙蛙花释放自然之力协助前方的妙蛙种子开始进化，花粉从妙蛙花的花蕊上飘散。
飘散的花粉在进入妙蛙种子背上的种子后，种子逐渐开出粉色的花苞，从花苞基部长出了四片形似芭蕉叶的绿叶，呈十字形张开，分别向头顶，身后和身体两侧伸展。
随着耀眼的白光散发，众多妙蛙种子的体型发生变化，渐渐进化成了妙蛙草。
“妙蛙草，种子宝可梦，妙蛙种子的进化型，它的背上背着一个巨大的花蕾。”
随着进化仪式的结束，妙蛙花与妙蛙草准备进行祭典的下一环节，赞美给予它们力量的大自然。
“这是进化的庆典啊！”小智迷恋道。
“对于妙蛙种子是植物还是动物这点，从以前到现在，大家的意见一直都有分歧。生物只要缺少任何一方，就没有办法维持生命了。”小刚感慨道。
“大家都是彼此依赖对方。”小霞附和道。
“它们可能就像是这个星球上所有生命的象征呢。”小刚喃喃道。
“妙蛙种子，我的妙蛙种子也有进化吗？”
小智突然反应过来道，扭头看向自己的妙蛙种子。
“很遗憾小智，妙蛙种子似乎不愿意进化。”小泽悠悠道。
“这是为什么？”小智不解道。
在小泽等人与妙蛙花和妙蛙草们的视线中，妙蛙种子流着热汗，挣扎的抵抗着身体的变化，不让背上的种子生长，一直压抑着身体隐约浮现的光芒，迟迟不愿意进化。
选择不进化的妙蛙种子赫然成为了异类，引起了王者妙蛙花与众多妙蛙草的注意，妙蛙花质问的看向妙蛙种子吼道：‘既然来到了这里，进不进化就由不得你了！’
‘我才不要进化，我不要伤害小智，这种施舍的力量，我才不需要！’妙蛙种子摇摇头拒绝道。
‘你这个不知好歹的臭小鬼！’妙蛙花吼道，这是妙蛙花第一次遇到敢反驳自己的子民，作为王者的妙蛙花一时间也被妙蛙种子的倔强而感到愤怒。
其余妙蛙草在看到妙蛙种子敢反驳妙蛙花的话，一时间也对妙蛙种子露出敌意的目光。
“大家好像是在生妙蛙种子的气啊！”小智说道。
“不是好像，毕竟你的妙蛙种子太倔强了，对于敢触犯王者威严的家伙，这些妙蛙草是不会给一点好脸色看的。”小泽解释道。
“住手！”
小智在看到妙蛙花使出藤鞭后，连忙跑到妙蛙种子的身前，替妙蛙种子挡下藤鞭的攻击。
“对不起，我们不应该擅自闯进来，可是这只妙蛙种子是我们的朋友，大家是不是因为妙蛙种子不愿意进化而生气呢。”
“如果因为它而让祭典有瑕疵的话，作为它的朋友，我向大家道歉！可是，你们想想看，也没有必要勉强它一定要现在进化吧。”
小智想为自己的妙蛙种子解释不愿意进化的原因，但作为王者的妙蛙花不会选择听从小智的话，而是使出自身的自然之力，将身后枯萎的大树重获新生，以此来向小智与妙蛙种子证明，进化才是变强的唯一捷径。
“哇，它可以控制自然啊！”小刚惊讶道。
“进化以后居然有那种力量！”小霞附和道。
“不，这并非寻常的妙蛙花可以掌握的能力，只能说明这一妙蛙花拥有掌握自然之力的才能。”小泽解释道。
妙蛙花向妙蛙种子展现了自然之力的强大，但妙蛙种子没有对这一力量感到憧憬，依旧倔强的坚持自己的理念。
“对不起啊，妙蛙种子。我听说你快要进化了，还乐成那个样。”小智歉意的看向妙蛙种子，转身向妙蛙花与妙蛙草诉说自己的内心想法。
“各位，我想要尊重妙蛙种子的心情，因为它要怎么样活下去，是它个人的自由啊。”
火箭队这时坐着热气球出来捣乱，弄巨大的吸尘器来抓捕地面的妙蛙种子和妙蛙花，小智妙蛙种子展现出强大的实力，使用新新学会的招式，阳光烈焰，击飞了火箭队。
“达娜~”沉思片刻，霸主妙蛙花伸出巨大的藤鞭来到小智妙蛙花的面前。
两只妙蛙花握鞭言和，场面可喜可贺。
初升的朝阳洒下晨辉，霸主妙蛙花带着族群消失在森林深处。
周围的花朵逐渐消散，不可思议的花园果然是只有一夜的光景。
围绕在花田周围的藤蔓也自动缩了回去。小智带着妙蛙种子离开了花田，继续踏上旅程。