说到善待朱由校的人，第一个自然就是客氏。朱由校是个念旧的人，对他好的人一定要给回报。九月二十，也就是朱由校登基后的第十四天。一个名不见经传的乳母，被新皇帝大肆封赏。此时，先皇元妃郭氏、生母王才人等还没有追谥，先皇的几位活着的妃嫔也还未进封呢。唯一排在客氏前面的，只有西李，当然结论是停封。虽然，大臣们也反对。但是，怎么也抵不上朱由校对客氏的感情。移宫这几天，为了保证朱由校的安全，把他身边的太监宫女都换掉，连客氏也暂时不能在他身边。当时形势的确紧张，朱由校也忍了。现在事情过去了，自己又当了皇帝，对于客氏必须好好的补偿一下。话又说回来，老朱家一直有封赏奶妈的旧例。于是明实录记载，“佞幸封客氏为奉圣夫人，并官其男侯国兴锦衣卫正千户。客氏上乳妇也。”
接着封赏其他朱由校的老班底。于是李进忠“以御马监太监魏进忠提督宝和三”，也就是管皇帝的三产小金库，而他哥哥做了锦衣卫千户。至于魏朝，虽然后期不太亲近，但朱由校还是念旧的人，恩赐恢复本姓并赐名为王国臣，还提升做了乾清宫管事掌兵仗局。好了，新老板的私事办完了，接下来该办公事了。当然首先就要分红了。东林党人作为新皇帝的最大投资者，势必获得最大的回报。退休了二十多年的赵南星，复出任吏部尚书。孙慎行，升任礼部尚书。邹元标，任大理寺卿，后任刑部右侍郎，都察院左都御史。（咦，这官好像前面升过了，怎么再升一回？这朱常洛才做一个月皇帝，接到召集令的，若路远点，多半还没到京城。管他呢，反正升来升去都是这个位子。）高攀龙，任光禄丞。后升任光禄少卿。左光斗，升任大理寺少卿，一年后，升任都察院左佥都御史。杨涟，升任兵科都给事中。从七品到正七品，副处升正处，功劳最大，回报最小。谁让他级别低呢！还有一大帮东林人士，也获得了丰厚的回报。都说东林党人是正人君子，道德楷模，忧国忧民。那么把握住了朝政的东林党人应该快速解决民生问题，再不济处理一下辽东战事也是对的。可是，他们第一个议题却是“红丸案”。干嘛是“红丸案”呢？理由很简单，因为内阁首辅的位置还不是东林党人。方从哲这个历经三朝的元老是浙党。那么这个位置该谁来坐呢？毫无疑问，就是留给东林党超级大佬——叶向高。天启元年（1621），礼部尚书孙慎行上疏称，方从哲和郑贵妃往来甚密，李可灼献红丸，是方从哲推荐的。事后还赏赐了李可灼五十两银子。先帝出事后，只把李可灼赶回了家了事，处罚过轻。言下之意，郑贵妃和泰昌皇帝不对付，而方从哲在万历后期就和郑贵妃关系很好，泰昌皇帝即位后，大力提拔东林党人，引起浙党的方从哲的不满，于是郑贵妃和方从哲合伙，加害泰昌皇帝。这个罪名太大了。一案力量不够，东林党人又爆料，在移宫案时，郑贵妃派人和方从哲密谈。之后，方从哲就不支持移宫了。综合起来，方从哲有谋逆的嫌疑。要么不出手，出手便欲置对方于死地。东林党人的攻势凌厉。方从哲极力辩解，他拉着刘一燝等人说，泰昌皇帝是自己提出来要服用红丸的，我都说了那玩意儿不可信，当时你们都在场的。刘一燝等东林党人却含糊其辞，不说有，也不说没有。双方僵持不下，最后只能由朱由校来裁决。朱由校想：“我本来也认为红丸没问题，现在你们这样一搞，我也糊涂了。不过说方从哲谋逆，我也是不信的。”
最后发话了，让大臣们自己去掰扯，他管不了。下了朝，方从哲找到刘一燝、韩爌等人，私下表态：我都这把年纪了，也没精力和你们斗下去了。我认怂，你们让我太太平平退休得了。刘一燝、韩爌等东林温和派觉得方从哲下台，他们目的就达到了，再说方从哲为官口碑的确不错，也没陷害过东林党人。于是，决定放方从哲一马。最后这场风波以“众臣皆有罪”这种和稀泥的结论收场。而后，方从哲以年事已高，乞骸骨。朱由校准了，任命刘一燝接替方从哲为内阁首辅。东林人凭借“三案”党争，一举击垮其他势力，得以独揽乾坤。