九月六日，朱由校御奉天门，即皇帝位，史称天启帝。接下来，头等大事先忙活大行皇帝的丧礼。于是内阁借着朱由校的名头发令：“命礼部会翰林院议丧礼。”
，“大行皇帝崩逝未造陵寝。着司礼监、同内阁礼部，会同钦天监前去天寿山相择。”
朱由校在乾清宫正式登基，定年号为天启，次年（1621年）为天启元年。关于这个年号，朱常洛的确为难了这帮大臣。还好，国人变通的技术强悍，于是来了个万历四十八年到七月为止，八月到年底是泰昌元年，次年再做天启元年。以往就算改朝换代，也不带这么玩的。当然有个小插曲，在定了“天启”为朱由校的年号后，宫里发现一些以前的古钱币，里面居然有天启通宝。朱由校很不高兴，你们这帮大臣给我的年号，居然不是原创的，让我用二手的，我不开森了！一查之下发现，西梁永嘉王萧庄、北魏元法僧、南诏都曾用过“天启”这一年号。最可气的是徐寿辉建立了天完政权，也用过“天启”年号。虽然这位也算太祖皇帝的同道前辈，但年份也不远啊！在这尴尬的情况下，客氏出来和稀泥了。她说，这年号还未开始，钱都有了，说明天启年先天有钱啊！多好的兆头！朱由校终于有个台阶下了，于是大大称赞了客氏。整个朝廷都在为大行皇帝身后之事忙活着，谁知道刚刚搬出乾清宫，移居哕鸾宫西李娘娘又出幺蛾子了。在移宫案发生的后期，乾清宫内的确很混乱。而隶属于西李娘娘的几个太监，见主子大势已去，就趁乱捞一把。于是，就有了移宫盗宝案。东林党人觉得为了彻底击垮西李，防止死灰复燃，可以借着盗宝案，剪除其羽翼，以绝后患。而李进忠听说，他也被盯上了。见势不妙，他赶紧给西李娘娘出主意。什么主意呢？之前的梃击案给了他很大启发。于是，在李进忠的策划下，演了一出“贼喊捉贼”的好戏。哕鸾宫着火了，火势不大，很快就被扑灭了。然而，这把火却烧到了宫外。于是，谣言四起，说什么新皇虐待先帝后妃，逼得西李娘娘上吊，其女皇八妹投井。御史贾继春听信流言，上书内阁方从哲等人，说：“新君登基，便违忤先皇，逼逐庶母，举国痛心。当年孝宗不问昭德妃子之罪，先皇优遇郑贵妃，今皇上何不效法祖先？况且先皇弥留之际，曾以选侍面谕群臣，而今先皇玉体未寒，爱妾不保。忝为臣子，夫独何心！”
给事中周朝瑞驳斥他，贾继春再次上书，说“选侍自经，皇八妹投井”，甚至称李选侍为未亡人。由于，移宫案中东林党人是主力，所以为了不让东林党人在此事上太光辉了，泼点脏水，也是很有必要的。对此，附和的官员也不少。作为东林党的代表人物，杨涟连忙上呈移宫始末疏，说：“皇帝寝宫未定，应以先帝的社稷为重，则先帝平日的宠爱为轻。到皇帝居室安定后，则既然尽臣子防危之忠，便当体解圣主如灭之度。这是臣请求移宫的原因。而蜚语却说选侍踉跄赤脚而走，还屡次想自裁，皇妹失所投井。这些谣传，恐怕酿成今之疑端，还可能流为他年之事实。”
在移宫案此事上，与其说东林党人出了大力，还不如说杨涟一人起了决定性作用，无论是入宫抢人，还是带头跪谏，杨涟总是冲在最前面，挡在最后面。史书上称在六天内"涟须发尽白，帝亦数称忠臣"。对于移宫案的当事者之一，朱由校对来龙去脉还是很清楚地。于是发布数百言敕令驳斥了谣言，还说：“皇考选侍李氏，恃宠屡行，气殴圣母，以致崩逝，使朕抱终天之恨。朕虽幼，未尝忘也！”
最后朱由校下旨：“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣。”
朱由校最后没有对西李选侍，赶尽杀绝，多半还是看在和他相处很融洽的皇八妹面子上。毕竟，在他成长过程中，善待他的人，屈指可数。