过了一会儿，以大学士方从哲、吴道南为首，六部科道文武群臣到来。万历皇帝已经有二十五年没见过群臣了，而群臣也有二十五年没见过天颜了。接下来，内侍先引百官至圣母灵次，百官复至御前行一拜三叩头礼。金天启第一次看到这样的场面，毕竟以前看电影电视剧，没有亲临现场那么震撼。君临天下，百官来朝的感觉，还挺刺激的。万历皇帝宣谕曰：“朕自圣母升遐，哀痛无已。今春以来，足膝无力，然每遇节次，朔望忌辰，必身到慈宁宫圣母座前行礼，不敢懈怠。近日忽闻有风颠张差闯入东宫伤人，外庭有许多间说，尔等谁无父子，乃欲离间我邪？适见刑部郎中赵会桢所问招情，止将本内有名人犯张差、庞保、刘成即实时凌迟处死，其余不许波及无辜一人，以伤天和，以惊圣母神位。”
说罢，万历皇帝拉起太子朱常洛的手，对群臣说：“此儿极孝，我极爱惜。”
御史刘光连忙出班，跪地大声说：“皇上甚慈爱，皇太子甚仁孝。”
由于离得不近，万历皇帝又年老耳背，没听清楚，便问身边内侍。内侍把刘光复说的重复了一遍，万历皇帝点头表示知道了。然而，刘光复却还在下面，一遍遍大声地喊着。皇帝示意其别说了，可是刘光复装听不到，还是不停重复。万历皇帝脸色变了，连呼三遍，“锦衣何在”，却没人答应。又命令中涓太监把刘光复绑了，挺杖交下。随即觉得现在打不太好，于是下令押到朝房候旨。方从哲等叩头，言小臣无知妄言，望霁天威。万历皇帝怒气稍解，随后搂过太子说：“彼从三尺孤养至今，成丈夫矣。使我有别意，何不于彼时更置，今又何疑？且福王既已至国，去此数千里，自非宣召，彼能飞至乎？”
又让内侍传唤三个皇孙到石阶上，让诸臣仔细看着，谕曰：“朕诸孙俱已长成，更有何说！”
回头又问太子朱常洛：“尔有何语？与诸臣悉言无隐。”
皇太子曰：“似此风颠之人，决了便罢，不必株连。”
又曰：“我父子何等亲爱，外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。”
于是万历皇帝对群臣说：“尔等听皇太子语否？”
又重复说道，我们父子相亲相爱，外面都是谣言，你们别目无君上，陷太子于不孝之地。群臣老老实实跪着听。而万历皇帝传旨，让慈宁宫看门的不要阻拦晚到的大臣。以至后来者踵趾相错，班行稍右，与帝座远。万历皇帝又拉着皇太子面向右边晚到的臣子，问曰：“尔等俱见否？”
见到众俯伏谢后，皇帝吁了口气，想这事过去了，于是就让大家回去了。甲戌，决张差于市。乙亥，在审问庞保、刘成时候，东宫传谕曰：“张差持棍闯宫，至大殿檐下，当时就擒，并无别物。其情实系风颠，误入宫闱，打倒内寺，罪所不赦。后招出庞保、刘成，本宫反复参详，保、成身系内官，虽欲谋害本宫，于保、成何益？此必保、成素曾凌虐于差，故肆行报覆之谋，诬以主使。本宫念人命至重，造逆大事，何可轻信！连日奏求父皇速决张差，以安人心。其诬举庞保、刘成，若一概治罪，恐伤天和。况姓名不同，当以雠诬干连，从轻拟罪，奏请定夺，则刑狱平，本宫陰骘亦全矣。”
六月戊子，刑部审问马三道（三舅）、李守才（外父）等，以参加非法社团的名义判处发配。庞保、刘成则寻了个理由，在宫内杖毙了。而多事的王之寀被科臣徐绍吉、台臣韩浚弹劾，最后削职为民。而多嘴的刘光复冤受五年牢役之苦。